1Ban Đối ngoại và Truyền thông có chức năng quản lý và thực hiện công tác đối ngoại, truyền thông. Ban có nhiệm vụ xây dựng và triển khai các kế hoạch, chiến lược đối ngoại nhằm phát triển mối quan hệ với Chính phủ, các tổ chức, doanh nghiệp và báo chí Hàn Quốc và quốc tế; quản lý thông tin và truyền đạt đến các Hội viên nhằm đảm bảo các Hội viên hiểu rõ chiến lược, mục tiêu của Hội; xây dựng và quản lý thương hiệu của Hội, đảm bảo hình ảnh thương hiệu phản ánh đúng giá trị và thông điệp của Hội; tổ chức các sự kiện của Hội; đánh giá hiệu quả truyền thông để điều chỉnh chiến lược và xử lý các tình huống khủng hoảng truyền thông.
2Ban Đầu tư có chức năng hỗ trợ, xúc tiến và kết nối thu hút đầu tư, chuyển giao khoa học công nghệ từ Hàn Quốc vào Việt Nam và ngược lại; hỗ trợ các doanh nghiệp Việt Nam tại Hàn Quốc trong hoạt động đầu tư, sản xuất, kinh doanh và dịch vụ; tiến hành các hoạt động, hội thảo, xúc tiến thu hút du lịch; chủ trì và phối hợp với Ban Đối ngoại và Truyền thông, Ban Tổ chức, Ban Tài chính để tiến hành các sự kiện ký kết MOU với các đối tác Hàn Quốc và Việt Nam.
3Ban Tài chính có chức năng quản lý và kiểm soát tài chính của Hội nhằm đảm bảo các hoạt động của Hội được thực hiện một cách hiệu quả và bền vững. Ban có nhiệm vụ lập kế hoạch tài chính hàng năm và dài hạn của Hội, đảm bảo Hội có một kế hoạch tài chính ổn định để phát triển; quản lý quỹ Hội, đảm bảo việc thu, chi từ quỹ Hội được minh bạch, tuân thủ tất cả các luật, các quy định tài chính và Điều lệ Hội và thực hiện báo cáo định kỳ cho Ban Chấp hành, báo cáo trước Đại hội Đại biểu Hội về tình hình thu chi tài chính của Hội theo nhiệm kỳ và hàng năm.
4Ban Tổ chức và Phát triển Hội có chức năng tiến hành các sự kiện đào tạo kiến thức thị trường, các kiến thức, kinh nghiệm về đầu tư, sản xuất kinh doanh tại Hàn Quốc; phối hợp với Ban Kiểm tra và Giám sát làm trọng tài, hòa giải trong các vụ việc mâu thuẫn, xung đột liên quan đến Hội viên của Hội; chủ trì và phối hợp với Ban Kiểm tra và Giám sát trong công tác thi đua khen thưởng và kỷ luật; phối hợp với Ban Cố vấn, tiến hành các hoạt động hỗ trợ hành chính, pháp lý thành lập doanh nghiệp; phối hợp và tích cực hỗ trợ các cá nhân người Việt Nam và người Hàn Quốc gốc Việt Nam khởi nghiệp tại Hàn Quốc.
5Ban Kiểm tra và Giám sát có chức năng kiểm tra giám sát tư cách Hội viên; phối hợp với Ban Tổ chức và Phát triển Hội trong công tác thi đua khen thưởng, kỷ luật; tiến hành các biện pháp kiểm tra, giám sát hoạt động tài chính và các hoạt động khác của Hội một cách độc lập, khách quan và công tâm; chủ trì và phối hợp với Ban Tổ chức và Phát triển Hội trong công tác trọng tài, hòa giải để giải quyết các mâu thuẫn trong Hội và giữa các hội viên. Để đảm bảo tính khách quan, công tâm, Trưởng Ban Giám sát sẽ được Ban Chấp hành Hội bầu theo nguyên tắc đa số tuyệt đối.
6Các Chi hội cơ sở tại các địa phương là một bộ phận của Hội, được thành lập trên cơ sở tự nguyện và là tổ chức đại diện cho các doanh nghiệp, doanh nhân, người kinh doanh nhỏ Việt Nam hoặc gốc Việt Nam tại một địa phương của Hàn Quốc hoặc theo một nhóm ngành nghề cụ thể và được Hội Doanh nghiệp Việt Nam tại Hàn Quốc chuẩn y Ban Chấp hành Chi hội. Hoạt động của các Chi hội cơ sở không trái với tôn chỉ, mục đích của Hội Doanh nghiệp Việt Nam tại Hàn Quốc.